Después del Convento de Lima, es el segundo de la Provincia Dominicana de San Juan Bautista del Perú- Orden de Predicadores, en año de fundación de 1538, sobre lo que fue el principal complejo religioso inca…, cedido a la Orden por Juan Pizarro, el 23 de noviembre de 1538, en la persona del obispo Fr. Vicente Valverde, OP. La construcción del Templo y Convento sobre muros incaicos, da inicio al mestizaje arquitectónico peruano, la inició el padre Juan de Olías…

La celebridad de este Convento radica no solo en haber sido un gran monumento religioso inca sino también en el talante de los hijos que tuvo: Martín Vásquez (1610), obispo de Puerto Rico; el venerable siervo de Dios, Jerónimo Martell (1610) y Leonardo López Dávalos, promotor de la fundación de la Universidad de San Antonio Abad del Cusco, cuya imagen ostenta el escudo de dicha universidad.

También es importante este convento porque en él se llevó a cabo el segundo capítulo provincial electivo de la Provincia de San Juan Bautista del Perú, en el año 1584, en el que a propuesta de Fr. Tomás de San Martín se aprobó la fundación del Estudio General de la Provincia, que más tarde llegó a ser la Universidad Mayor de San Marcos de Lima, el año 1551… En la actualidad es sede del noviciado de la Provincia y en él se forman los jóvenes de otras entidades dominicanas.